داستان سریال Wayward Pines در مورد مامور سرویس مخفی اتان برک است که در یک ماموریت برای پیدا کردن دو عامل فدرال گم شده به شهر روستایی Wayward Pines می رود. اما با بررسی به جای پاسخ، تنها به سوالات بیشتری می رسد. چه چیزی در Wayward Pines اشتباه است؟ اتان با واقعیت وحشتناکی مواجه است که او ممکن است هرگز از Wayward Pines زنده خارج نشود...

داستان درباره ی حوادثی است که پس از حمله ی فضایی ها اتفاق می افتند . گروهی از بازمانگان این حادثه برای مقابله با این موجودات به هم ملحق شده و تشکیل گروهی را میدهند که به وسیله ی تام میسن که یک استاد دانشگاه است رهبری میشود . تام باید ضمن جستجو برای پسرش که به نظر میرسد توسط فضایی ها به اسارت گرفه شده به گروه نیز آموزشات لازم برای مقاومت در برابر دشمن را بدهد.