بعد از 7 سال و بزرگ شدن فرزند مایکل اسکافیلد، داستان از آن جایی شروع می شود که تی بگ با یک مدرک میخواهد به لینکولن ثابت کند مایکل هنوز زنده است. بعد از تحقیقاتشان لینکولن و سارا رد پای مایکل را در زندانی در یمن پیدا میکنند و برای دیدن او تمام تلاش خود را می کنند که...

همه افراد تلاش می کنند تا به نحوی از زندان خارج شوند اما مایکل اسکافیلد تمام تلاش خود را می کند تا به زندان راه یابد. برادر وی که متهم به قتل شده است و در آستانه اعدام قرار دارد کاملا بی گناه است و مایکل اسکافیلد با به کار گرفتن حیله های مختلف سعی در وارد شدن به زندان و نجات برادرش دارد. شما از همان قسمت اول به صورت کامل شگفت زده می شوید و با ایده های جالبی که در سریال بکار رفته است که حتی فکرش را نمی کردید مواجه می شوید. برادر قاتل ؛ مایکل اسکافیلد نام دارد که در کالج مدرک مهندسی سازه گرفته و دارای هوش فوق العاده‌ای است.