این یک تلاقی بین سریال Lupine III و Case Closed است و بعد از سریال تلویزیونی ویژه Lupin the 3rd vs Detective Conan اتفاق می‌افتد و علاوه بر این عناصر مختلفی از سلف خود را در داستان خود گنجانده است. طرح داستان

هانتر ( به معنی شکارچی ) فردیه که دور دنیا سفر میکنه و هر جور ماموریت خطرناکی که فکرشو بکنید انجام میدم . از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کند و کاو و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج . گون ( Gon ) پسر جوونیه که پدرش چندین سال پیش ، موقعی که یه هانتر بوده ، ناپدید شده . گون باور داره که اگه بتونه پا جای پای پدرش بزاره ، ممکنه یه روز بتونه دوباره بش بپیونده . بعد از اینکه گون 12 سالش میشه ، خونه رو ترک میکنه و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " رو امتحان میکنه . آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده داره و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده . گون با کوراپیکا که به عشق انتقام زندس ، با لوریو که میخواد در آینده دکتر بشه و با کیلوآ که قبلا یه آساسین سرکش بوده دوست میشه . و همین جور که ماموریت های سخت تری رو ، به عنوان یه هانتر ، پشت سر میزارن و با خطرات و تهدیدهای بیشتری رو به رو میشن رفاقتشون گسترده تر میشه.

دیجی‌مون‌ها از درون تخم‌هایی به‌نام تخم دیجی (Digi Egg) زاده می‌شوند. آن‌ها به وسیله‌ی پروسه‌ی تکامل دیجیتال (Digivolution) بالغ می‌گردند. در این حالت رفتارشان عوض شده، تمایلات خاص پیدا می‌کنند و قدرتشان افزایش می‌یابد. با این حال آثار تکامل دیجیتال دائمی نیست و غالب اوقات دیجیمون تکامل یافته پس از نبرد یا در هنگام ضعف نیرو به حال نخست برمی‌گردد. با این که برخی از رفتار دیجی‌مون‌ها حیوان-مانند است ولی در بسیاری از موارد مانند قدرت تکلّم آن‌ها از زیرکی و فراست انسانی بهره می‌برند. آن‌ها می‌توانند به وسیله دیجی وایس‌های شریکان انسانی‌شان تکامل دیجیتالی یابند. در برخی موارد، مانند سری نخست، مربّی دیجیمون مجبور است چیزهایی مانند آویز (crest)ها و نشان (tag) ها را بیابد تا دیجیمون‌اش بتواند پس از مرحله‌ی مگا (Mega) به مرحله‌ی بالاتر برود.نخستین آنامی دیجیمون چرخه‌ی زندگی دیجیمون‌ها را معرّفی کرد: آن‌ها به وجود می‌آیند ولی در شرایط طبیعی از بین نمی‌روند زیرا که از اطّلاعات (data) ساخت‌یافته تشکیل گردیده‌اند. دیجی‌مون‌های پیر و دیجی‌مونهایی که زخم‌های مهلک برداشته‌اند در هنگام مرگ به بیت (bit) های اطّلاعات تجزیه می‌گردند. این اطّلاعات اگر به وسیله‌ی دیجی‌مون غالب جذب نگردد در یک چرخه‌ی ققنوس‌وار دوباره به صورت یک تخم دیجی فشرده شده و به شهر شروع ابدی بازمی‌گردد و در آن‌جا اگر به آرامی نوازش شوند، دوباره از آن یک دیجی‌مون نوزاد به دنیا می‌آید. دیجی‌مونی که این‌گونه احیا می‌شود ممکن است قسمتی یا همه‌ی خاطرات زندگی گذشته‌اش را به‌یادبیاورد (مانند آنگه‌مون (Angemon) در سری نخست دیجی‌مون). هم‌چنین اگر اطّلاعات دیجی‌مونی به طور کامل نابود گردد، او خواهد مرد (مانند حادثه‌ی تونل زیرزمینی در سری سوم دیجی‌مون مربّیان دیجی‌مون (Digimon Tamers).