هانتر ( به معنی شکارچی ) فردیه که دور دنیا سفر میکنه و هر جور ماموریت خطرناکی که فکرشو بکنید انجام میدم . از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کند و کاو و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج . گون ( Gon ) پسر جوونیه که پدرش چندین سال پیش ، موقعی که یه هانتر بوده ، ناپدید شده . گون باور داره که اگه بتونه پا جای پای پدرش بزاره ، ممکنه یه روز بتونه دوباره بش بپیونده . بعد از اینکه گون 12 سالش میشه ، خونه رو ترک میکنه و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " رو امتحان میکنه . آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده داره و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده . گون با کوراپیکا که به عشق انتقام زندس ، با لوریو که میخواد در آینده دکتر بشه و با کیلوآ که قبلا یه آساسین سرکش بوده دوست میشه . و همین جور که ماموریت های سخت تری رو ، به عنوان یه هانتر ، پشت سر میزارن و با خطرات و تهدیدهای بیشتری رو به رو میشن رفاقتشون گسترده تر میشه.

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

شش ماه پس از شکست Majin Buu، Saiyan Son Goku قدرتمند به تلاش خود برای قوی تر شدن ادامه می دهد...