داستان بر جنگ جام مقدس متمرکز است و رابطه بین شیرو امیا و ساکورا ماتو، دو نوجوان شرکت کننده در این درگیری را بررسی می کند...

زمانی که “شیرو” 7 سال داشت، در آتش سوزی ویرانگر که شهر Fuyuki را نابود کرد خانواده خود را از دست داد و از نظر ذهنی آسیب شدیدی را متحمل شد. شیرو توسط جادوگری به نام Kiritsugu Emiya نجات پیدا کرد و تحت سرپرستی او قرار گرفت...

هاکونو که در یک دنیای مجازی عجیب و غریب بیدار می شود و هیچ خاطره ای از گذشته ندارد، مجبور می شود برای بقا در جنگی که درک نمی کند برای جایزه ای فراتر از ارزش بجنگد. فرصت برآورده شدن آرزو فقط با

یک موجود قدرتمند ادعا می کند که در عرض یک سال ، زمین توسط او نابود خواهد شد ، اما او با تبدیل شدن به یک معلم خانه ، فرصتی را به بشر می دهد و در آنجا به دانشجویان خود می آموزد که چگونه او را بکشند. کلاس درس ترور آغاز می شود.

هانتر ( به معنی شکارچی ) فردیه که دور دنیا سفر میکنه و هر جور ماموریت خطرناکی که فکرشو بکنید انجام میدم . از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کند و کاو و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج . گون ( Gon ) پسر جوونیه که پدرش چندین سال پیش ، موقعی که یه هانتر بوده ، ناپدید شده . گون باور داره که اگه بتونه پا جای پای پدرش بزاره ، ممکنه یه روز بتونه دوباره بش بپیونده . بعد از اینکه گون 12 سالش میشه ، خونه رو ترک میکنه و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " رو امتحان میکنه . آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده داره و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده . گون با کوراپیکا که به عشق انتقام زندس ، با لوریو که میخواد در آینده دکتر بشه و با کیلوآ که قبلا یه آساسین سرکش بوده دوست میشه . و همین جور که ماموریت های سخت تری رو ، به عنوان یه هانتر ، پشت سر میزارن و با خطرات و تهدیدهای بیشتری رو به رو میشن رفاقتشون گسترده تر میشه.

هفت جادوگر منتخب و ارواح قهرمان احضار شده آنها با یکدیگر مبارزه می کنند تا جام مقدس را به دست آورند: وسیله ای جادویی که می تواند هر آرزویی را برآورده کند.