داستان این انیمیشن درباره دو کارخانه تولید سلاحهای جنگی است که در تلاش برای به دست آوردن گوی بخار هستند تا بر یکدیگر غلبه کنند. سازندگان گوی بخار پدر و پدربزرگ پسر نوجوانی به نام ری هستند و ...

در یک دنیای موازی که در آن جمعیت مرد تقریباً از بین رفته است و زنان حکم‌فرما شده‌اند، مردان واجد شرایط به زنان خدمت می کنند.

در آینده ای پسا آخرالزمانی، انسان ها در صلح با اندرویدها در یک شهر گنبدی شکل زندگی می کنند. با این حال، یک سری قتل های عجیب به زندگی بازرس بی حوصله Re-l Mayer نفوذ کرده است.

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

پدری که به دنبال قدرت است، بخش هایی از پسر تازه متولد شده خود را به گروهی از شیاطین می دهد. سال‌ها بعد، پسر با آن شیاطین می‌جنگد تا آنچه را که حقش است، به دست آورد...