یک انفجار تروریستی ، ویروسی مرگبار را بین مردم پخش می کند. جایزه بگیری معروف ، به نام "بپوپ" و گروهش تصمیم می گیرند تا جان مردم را نجات دهند...

تاکاتو ماتسودا،روکی ماتسونو و لی جنریا بچه هایی هستن که با سرنوشت صاحب دیجیمون های واقعی شدن.نه مثل اونایی که تو کارتاشون بازی میکردن.هر کدوم از بچه ها یا هم تیمی های دیجیمون نظرات متفاوتی دارند که چطور باید با دیجیمون ها برخورد کنن.اما وقتی بقیه دیجیمون شروع به پدیدار شدن اطراف ژاپن کردن،اونا باید اختلافاشون رو کنار بزارن تا مزاحمان دیجیتال رو دفع کنن.اگرچه یاماکی کسی که رئیس یه سازمان مخفی به اسم هایپنوز هست سعی داره تاخودش تموم دیجیمون ها را بدست بیاره.

دنیایی که نابود شده و مردمی که در سایر سیارات منظومه شمسی زندگی می کنند . کشتی با نام Bebop که شغل ساکنان آن دستگیری مجرمان فراری و گرفتن جایزه آنهاست و آنها خود را Cowboy می نامند.