وقتی اسکوبی و باند در یک بازی ویدیویی که برای آنها ساخته شده است گرفتار می شوند، باید با 'ویروس فانتوم' مبارزه کنند. برای فرار از بازی، آنها باید سطح به سطح بروند و یک بار برای همیشه بازی را شکست دهند.

یک مورد کیهانی از بشقاب های پرنده، دسیسه های بین کهکشانی و عاشقانه های خارج از این جهان، اسکوبی دو و باند اسرار آمیز را وارد غیر زمینی ترین ماجراجویی خود می کند.

گروهی اسرار آمیز بعد از مدت ها در جزیره ای دور افتاده گرد هم می آیند، اما چیزی که انتظارشان را می کشد برایشان غیر منتظره است.