پسری دبیرستانی که به توکیو فرار کرده دختری را دوست دارد که به نظر می رسد قادر به دستکاری هوا است...

قهرمان ما ناروتو در چاکرای خاصی گرفتار شده است که او را به گذشته سوق می دهد. او خود را در شهر لوران می بیند. همانطور که او با چیزهای عجیبی روبرو می شود، آیا می تواند آینده را با گذشته نجات دهد؟

آمورو ری و بقیه خدمه پایگاه سفید، که اکنون به عنوان سپاه سیزدهم خودمختار شناخته می‌شوند، به فضای بیرونی بازمی‌گردند تا از بقیه نیروهای فدراسیون زمین برای نبرد سرنوشت‌ساز علیه نیروهای دوک نشین زئون حمایت کنند.

داستان این انیمه در دنیای پس از مرگ اتفاق میفتد. در این دنیا، یک گروه مسلح از دانش آموزان با رهبری دختری به اسم یوری بخاطر زندگی ناراحت کننده ای که در دنیا داشتند تصمیم دارند بر علیه خدا قیام کنند. در مقابل این افراد، موجودی به اسم فرشته وجود دارد که از توانایی های خاصی برخورداره و رئیس شورای دانش آموزیه. هدف این گروه، شکست دادن فرشته و در دست گرفتن دنیاست...

دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیرویعلم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اماکار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از اینگونه کیمیا، برادر بزرگتر، ادوارد الریک پای چپش و برادر کوچکتر، الفونسالریک تمام بدنش را از دست می دهد. ادوارد برای نجات برادرش دست راستش راقربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند وادوارد با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، “اتومیل”، را دریافت میکند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یادمی کند که به دنبال اکسیر بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشانبازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک “کیمیاگر ایالت” شود، یعنیکسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

انیمه ناروتو شیپودن که ادامه سری ناروتو است، ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از 3 سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند ناروتو امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو (یکی از سه سنین افسانه ای که بعد ها به دشمن دهکده کونوها تبدیل شد) نجات دهد در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل 10 شینوبی قدرتمند است و هدفش جمه آوری تمام هیولای دم دار است) فعالیت خود را آغاز می کند و در اولین اقدام کازگه دهکده شن گارا (جینچووریکی 1 دم) را می ربایند ناروتو به همراه استاد خود کاکاشی و هم گروهیش ساکورا برای نجات گارا به دهکده شن می روند ولی گروه آکاتسوکی دنبال ناروتو (جینچووریکی 9 دم) نیر هست ولی ناروتو قوی تر از چیزی بود که گروه آکاتسوکی فکر کرده بود...

فو یک پیشخدمت زن است که در قهوه خانه کار میکند. فو دو شمشیر زن با نامهای جین و موگن را نجات میدهد و با آنها برای پیدا کردن سامورایی که بوی گل میدهد میروند...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.