یک فیلم بسیار تجربی که داستانی خارج از ترتیب زمانی را ارائه می‌کند که 15 سال پس از یک فاجعه تقریبا آخرالزمانی اتفاق می‌افتد، در مورد چهار نوجوان 14 ساله آسیب دیده که وظیفه هدایت سلاح‌های تعیین‌کننده انسان‌نمای عظیم به نام Evangelion را دارند، بزرگسالانی که از نظر روانی ناسازگار هستند و آنها را کنترل و فرمان می‌دهند. و رویدادها و نیروهایی که آنها را تحت تأثیر قرار می دهند یا در آنها شرکت می کنند زیرا با مهاجمان خصمانه عظیمی که به نام "فرشتگان" شناخته می شوند، شرکت می کنند.

در سال 2015 نیمی از جمعیت نژاد بشر مرده اند و بازماندگان با داوری وحشتناکی از طرف موجودات بزرگ و بسیار قدررتمندی بنام Angels روبرو هستند. Angels ها قرار بود که روح انسانهای مرده باشند. اما این تفکر اشتباه است و آنها در دنیایی از توازن و سعادت همیشگی زندگی نمیکنند بلکه آنها در دنیای ما زندگی میکنند آن هم با هدف نابود کردن نسل بشر. ماشینهای بزرگ و زنده ای بنام Evangelion برای مبارزه و کشتن این هیولاها ساخته شده، اما این ماشینها وحشی و رام نشدنی هستند و برای اینکه این ماشینها بدرستی کار کنند باید یک خلبان با جنبه های روحی و روانی مناسب پیدا شود. به این منظور در داخل Tokyo درون مرکز فرماندهی سازمانی مخفی بنام NERV نوجوانهای مناسب را برای این کار انتخاب میکند و آنها را برای خلبانی با این ماشینها تمرین میدهد تا آنها بتوانند با Angel ها مبارزه کنند حتی اگر به قیمت از دادن ذهن و روحشان تمام شود Shinji Ikari که پدرش رئیس تیمی در NERV است که Evangelion ها را تولید کرده برای خلبانی یکی از این ماشینها انتخاب شده است. او تحت فشار زیاد وارد مبارزات و حوادثی میشود که چیزی از آنها نمیفهمد و مجبور میشود که برای پیدا کردن شجاعت و قدرت نه تنها برای مارزه کردن با این هیولاها بلکه زنده ماندن به عمق وجود خودش رجوع کند.

یک دختر جوان باید با کمک یک پسر نفرین شده و یک تیم تحقیقاتی ویژه، سرنوشت خود را به عنوان یک مبارز شیطان پیشگویی شده محقق کند...