داستان بر جنگ جام مقدس متمرکز است و رابطه بین شیرو امیا و ساکورا ماتو، دو نوجوان شرکت کننده در این درگیری را بررسی می کند...

زمانی که “شیرو” 7 سال داشت، در آتش سوزی ویرانگر که شهر Fuyuki را نابود کرد خانواده خود را از دست داد و از نظر ذهنی آسیب شدیدی را متحمل شد. شیرو توسط جادوگری به نام Kiritsugu Emiya نجات پیدا کرد و تحت سرپرستی او قرار گرفت...